合理分配自建房的土地使用权面积需要根据相关的法规和规定进行评估。一般来说，分配土地使用权面积应该按照自建房实际建筑面积和所占用土地的比例进行计算，并考虑到自建房的层数、加盖情况等因素进行调整。同时，分配土地使用权面积还应该考虑到所在地区的土地管理政策和标准，确保分摊金额和面积符合规定并合理。
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