对于是否出兵收复,清朝政府内部曾经发生过“海防”与“塞防”的争论。在朝会上,“海防” 派的代表人物李鸿章认为,“新疆乃化外之地,茫茫沙漠,赤地千里,土地瘠薄,人烟稀少。乾隆年间平定新疆,倾全国之力,徒然收数千里旷地,增加千百万开支,实在得不偿失。依臣看,新疆不复,与肢体之元气无伤,收回伊犁,更是不如不收回为好。”
对于这样的昏话,“塞防”派的代表人物左宗棠针锋相对,“天山南北两路粮产丰富,瓜果累累,牛羊遍野,牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠,实为聚宝之盆。”并提出“重新疆者,所以保蒙古,保蒙古者,所以卫京师。西北臂指相连,形势完备,无隙可乘。”
好在当时的清政府没有腐朽到这个地步,在1875年,清朝政府派遣以左宗棠为首的大军,历时两年多,将阿古柏非法占领的天山南北地区一一收复回来。