庚子赔款,美国报账名目和实际钱对不上,报了大约实际的3.5倍,当时的驻美公使梁诚与美国国务卿海约翰关于该问题提出了“退还赔款数额虚数的要求”,并交涉了三年,后来以庚子赔款的名目,来给当时的留美预科班,后来的清华大学的同学上学用,然而,这笔钱也并没有实际给到清华大学,事实上仍然是把这笔钱存在花旗银行,清政府也有没有资格使用这笔款项,使用款项的监督者仍然是美国政府。
而后,清华大学建立,其各种款项大多源自于爱国人士捐赠,庚子赔款虽更名为清华基金,但是其使用仍然层层受到美国政府监管与审批,可谓层层受阻。后1949年,国民党退到台湾,梅贻琦前往美国掌握该笔资金,用该资金成立台湾新竹清华大学,并筹建并筹办清华原子科学研究所(前国立清华大学工程与系统科学系)。所以说清华大学其实跟庚子赔款的关系不大。