一般来说，灵活就业医疗保险的缴费基数会比普通职工医疗保险低。因为灵活就业人员的缴费基数是根据其实际收入来确定的，而普通职工医疗保险的缴费基数是根据其工资收入来确定的，因此一般来说灵活就业人员的缴费基数会相对较低。但是具体情况还要根据当地的医保政策和实际情况来确定。
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